A localidade de Casa Nova surgiu na primeira metade do século XIX, a partir da descoberta e comercialização de sal em seu território. Algumas publicações mencionam como seu fundador um português senhor Viana, sem revelar mais informações sobre o personagem. Oficialmente o município foi criado por lei provincial de 1879, com área desmembrada do município de Remanso, que por sua vez já pertencera a Pilão Arcado. Seu nome original foi São José do Riacho de Casa Nova.
Entre agosto de 1879 e janeiro de 1890, Teodoro Sampaio, engenheiro baiano da comissão pelos estudos da navegação no interior do Brasil, percorreu o rio São Francisco da foz até Pirapora (MG), voltando em seguida até Cariranha, de onde partiu para explorar a Chapada Diamantina. A partir do que observou nessa viagem, escreveu vários artigos, reunidos em 1906 no livro “O Rio São Francisco e a Chapada Diamantina”. Um dos capítulos do livro recebeu o título de “As Salinas de Casa Nova”. Nele o autor aborda praticamente apenas a extração do sal, então mais importante atividade econômica do município. Alguns anos antes, em 1867, o São Francisco foi percorrido por Richard Burton, naturalista e explorador inglês conhecido pelo empenho que dedicou à descoberta da nascente do rio Nilo (que terminou sendo encontrada por um outro inglês …). Nas proximidades de Santana Burton escreveu “… o São Francisco (aqui) é um grande espetáculo, de imensa amplitude, lustroso como óleo, e refletindo, como um espelho sem aço, o céu e a terra”.
Os acontecimentos mais marcantes na história de Casa Nova são o massacre de Pau de Colher, em 1938, e a mudança, em 1976, da localização da cidade devido à construção da barragem de Sobradinho e a consequente inundação da área original da cidade, com a formação do lago.
O movimento de Pau de Colher, localidade do município, guarda várias semelhanças com o de Canudos, tendo terminado, assim como este, com a intervenção de tropas estaduais e federais e a morte de centenas dos fanáticos participantes.
O lago formado com a barragem de Sobradinho cobriu as cidades originais de Casa Nova, Pilão Arcado, Remanso e Sento Sé. A mudança das cidades e das populações ribeirinhas por causa da barragem inspirou músicas (“Sobradinho”, de Sá e Guarabira), literatura de cordel e trabalhos que circularam no meio acadêmico.
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