A região onde se situa o município de Guaratinga pertencia a Capitania de Porto Seguro, criada pela carta régia de 27 de maio de 1534.
A cidade teve origem na área da fazenda de propriedade da Sra. Maria da Conceição, que deixou em testamento a doação do terreno para Nossa Senhora da Conceição, onde deveria ser fundado um arraial. Com a sua morte o imóvel foi ocupado por aqueles que foram os primeiros moradores da localidade, que iniciaram o cultivo de mandioca e cereais, atraindo famílias de Minas Gerais os responsáveis pelo crescimento inicial do arraial que foi denominado Jaquetou ou Jaquetô.
Por volta de 1940 o arraial de Jaquetô possuía uma extensa área com plantio de cacau. O produto alcançava bons preços no mercado internacional dando um grande impulso na economia local.
Durante muitos anos a comercialização dos produtos agrícolas, inclusive o cacau, e a aquisição de mantimentos eram efetuados na cidade de Porto Seguro. Sem estradas para tráfego de veículos, o transporte era feito em tropas de burros.
Com o desenvolvimento do arraial, Jaquetô foi transformado em povoado com o nome de Novo Horizonte. Em 31 de agosto de 1961 se tornou município, pela Lei n.° 1.466 ao ser desmembrado de Porto Seguro. Sua instalação se deu em sete de abril de 1963. O município recebeu o nome de Guaratinga que na língua tupi-guarani significa ?Garça Branca.
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