A Vila de Intanhaém é considerada a segunda povoação fundada por Martim Afonso de Souza, segundo Benedito Calixto (pintor e historiador Paulista), entre 1532 e 1533. Este navegador Português teria sido quem escolheu o local da povoação e da ermida em louvor a Imaculada Conceição, nas terras dos índios “itanhaens”, do grupo tupi (o nome decorre de “ itá- nhaé”, que significa bacia ou panela de pedra, usada pelos indígenas, segundo Theodoro Sampaio).
No entanto, existiu na praia de Peruíbe outra aldeia, com o nome de Nossa Senhora da Conceição de Itanhaém, provavelmente fundada pelo Padre Leonardo Nunes, e que mais tarde passou a chamar-se São João Batista de Peruíbe, mas da qual restam ruínas.
A povoação que se desenvolveu foi localizada à margem esquerda do rio Itanhaém, em grande parte com a colaboração dos missionários Franciscanos no século XVII e da Companhia de Jesus, estes últimos expulsos no século XVIII, que catequisaram os índios itanhaens.
A Vila de Nossa Senhora da Conceição de Itanhaém foi constituída em abril de 1561, pelo Capitão-Mor Francisco de Moraes, loco-tenente de Martim Afonso de Souza, Governador da Capitania de São Vicente, e chegou a ser em 1624 a sede da Donatária de Martim Afonso, com o nome de “ Capitania de itanhaém”, com jurisdição desde a Ilha Porchat, na barra de São Vicente, até a Ilha do Mel em Paranaguá (segundo foral de D. João III, estudado pelo historiador Pedro Taques).
Somente em 1906, o topônimo passou a Itanhaém.
Distrito criado com a denominação de Nossa Senhora da Conceição de Itanhaém, em 1549.
Elevado a categoria de vila com a denominação de Nossa Senhora da Conceição de Itanhaém em abril de 1561. desmembrado do termo da antiga Vila de São Vicente. Constituído do Distrito Sede.
Tomou a denominação de Itanhaém por Lei Estadual nº 1021, de 6 de novembro de 1906.
Cidade por Lei Estadual nº 1038, de 19 de dezembro desse último ano.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1911, o Município de Itanhaém se compõe do Distrito Sede.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1933, o Município de Itanhaém permanece com o Distrito Sede.
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