Os registros históricos sobre a ilha destacam a vinda, em 1510, do navegador português Diogo Álvaro Corrêa, o Caramuru, que, enamorado da índia tupinambá Paraguaçu, filha do cacique Taparica, casou-se com ela. Os índios Tupinambás foram os primeiros habitantes da ilha, daí a origem do seu nome.
Conta uma das lendas, que Itaparica vem do Tupi e significa 'cerca feita de pedras', por causa dos arrecifes que contornam toda a costa da ilha.
A sua ocupação deu-se a partir de um pequeno núcleo de povoamento fundado por jesuítas na contra-costa, em 1560, onde hoje se localiza a Vila de Baiacu, então denominada como Vila do Senhor da Vera Cruz. Nesse período, foi nela iniciada a primeira plantação de cana-de-açúcar, assim como a cultura do trigo, tendo recebido os primeiros exemplares de gado bovino. Foi ainda em Baiacu que aqueles religiosos fizeram erguer a primeira obra de engenharia hidráulica da colônia: uma barragem para o suprimento de água potável e para os serviços da povoação.
A riqueza gerada nesse curto espaço de tempo levou a que corsários ingleses atacassem a ilha já em 1597. Entre os anos de 1600 e 1647, foi invadida pelos holandeses. Durante a última destas invasões, os holandeses chegaram a construir um forte, denominado Forte de São Lourenço.
Em 1763, Itaparica, que era a maior ilha da colônia, chamou a atenção da Coroa e, por conta disso, foi então incorporada aos seus bens. Os afamados estaleiros da Ilha de Itaparica eram também empório de construções navais da colônia: ali se armou a primeira quilha da Marinha de Guerra no Brasil. Nesta época, também existiam cinco destilarias de aguardente, além das fábricas de cal - nove, em meados do século XIX. Porém, a maior atividade econômica da ilha foi a pesca da baleia, sobretudo durante os séculos XVII e XVIII, por este fato, antes de chamar-se Itaparica era conhecida como Arraial da Ponta das Baleias.
Neste período, antigos e belíssimos sobrados, existentes até hoje, hospedaram imperadores brasileiros como D. Pedro I e D. Pedro II.
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