A região era primitivamente habitada pelo aborígenos muongurus e cariacás, descendentes dos tupinambás.
Há notícias de que, no início do Século XVII, uma religiosa fundou aldeamento em derredor de uma ermida dedicada à Nossa Senhora de Brotas, dando lugar à catequese dos índios de Jeremoabo e das regiões vizinhas, promovida pelos padres João de Barros e Jacob Roland.
Chegado à Bahia com Tomé de Souza em 1549, Garcia d’Ávila, com temperamento forte de bandeirante, exerceu grande influência no desbravamento do nordeste baiano, capiturando índios e fundando currais para criação de gado bovino.
Do rei D. João III recebeu Garcia d’Ávila, já Senhor da Casa da Torre, grande sesmaria calculada em 60 léguas quadradas, que percorreu com suas bandeiras.
Grandes divergências surgiram entre Garcia d’Ávila e os missionários, que se opunham à escravização dos índios e sua utilização nos trabalhos agrícolas,Tendo em vista a escassês de pretos importados da África. Em represália aos jesuítas, o abastado senhor incendiou Geremoabo, cronstruindo-a depois em face da intervenção do Papa ou do próprio Governo Colonial.
Em 1718, por Alvará Régio de 11 de abril, criou-se a freguesia com a invocação de São João Batista de Jeremoabo do Sertão de Cima, representando mais tarde um termo de Itapicuru, com os mesmos limites paroquiais.
Passou a denominar-se Vila de São João Batista de Jeremoabo em 1831 e, tempos depois, simplesmente Jeremoabo.
Jeremoabo é palavra indígena que significa, entre outras coisas, “plantação de abóboras”, de que havia grande cultura, mantida pelos índios.
Os nativos de Jeremoabo são chamados jeremoabenses.
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