A região era primitivamente habitada pelos índios maracás.
O povoamento do território iniciou-se no século XIX, por famílias à procura de terrenos férteis para agricultura. Desbravadores como Torquato Almeida, Felipe Abade, Noel Alves, os Barretos, os Andrades, os Leôncio e os Lala, ali se estabeleceram desenvolvendo a agropecuária e formando o arraial Três Morros.
O Topônimo foi uma homenagem prestada ao ilustre médico baiano e Secretário da Segurança Pública.
Em divisões territoriais datadas de 31-XII-1936 e 31-XII-1937, figura no município Maracás o distrito de Três Morros.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1-VII-960.
Elevado à categoria de município com a denominação de Lafaiete Coutinho, pela Lei Estadual n.º 1.619, de 20-02-1962, desmembrado de Maracás. Sede no atual distrito de Lafaiete Coutinho (ex-Três Morros). Constituído do distrito sede. Instalado em 07-04-1963.
Em divisão territorial datada de 31-XII-1963, o município é constituído do distrito sede.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2007.
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